Původně patřily Lhenice, stejně jako celý zdejší kraj, samotnému králi.
V polovině 13. století je však Přemysl Otakar II. daroval i s okolím tehdy nově založenému klášteru Zlatokorunskému, tím se staly majetkem cisterciáckého opatství, v jehož archivních spisech se také dochovala první písemná zmínka o Lhenicích z roku 1283.

Vesnice byla součástí zlatokorunského kláštera až do roku 1420, kdy císař Zikmund zastavil celé zboží Oldřichovi z Rožmberka.
V roce 1437 císař Zikmund zapsal zboží kláštera zlatokorunského s vesnicemi Lhenice, Újezdec, Vadkov a Vodice městu Tábor.
V době předhusitské je také již doložen lhenický kostel a z místní rychty bylo spravováno deset okolních vsí.

V roce 1544 český král Ferdinand I. vydává v Praze listinu, kterou povyšuje dosavadní vesnici Lhenice na městys. Uděluje mu znak, právo pečetit zeleným voskem, svobodu trhu (povoluje konat výroční jarmark na den sv. Jiljí (1. září) s osmi dny a týdenní trh ve středu). Tím se začíná období "městečka" Lhenice.

Za účast na nezdařeném povstání v roce 1547 byly městu Tábor zkonfiskovány některé statky, mezi nimi i Lhenice s vesnicemi Újezdec, Vadkov a Vodice, které koupil hrabě Albrecht z Guštejna na Žirovnici jako poručník po Joštu z Rožmberka.
V roce 1511 Lhenice s okolními vesnicemi byly postoupeny Vilémovi z Rožmberka.

V majetku rožmberského rodu bylo městečko až do roku 1600, kdy jej Petr Vok z Rožmberka postoupil svému úředníku Martinu Grejnarovi z Veveří a na Mysletíně za 500 kop gr.českých.
V roce 1605 vrátil Grejnar Lhenice zpět Petru Voku z Rožmberka, který je připojil k libějovickému panství. Po vymření Rožmberků v roce 1611 zdědil panství Jan ze Serinu a po jeho smrti v roce 1612 se stali majiteli libějovického panství Švamberkové. Petr Švamberk se zúčastnil povstání v letech 1618 - 1620 na stavovské straně a r.oku 620 byl zavražděn. V roce 1622 daroval císař Ferdinand II. panství Netolice se Lhenicemi Janu Oldřichovi z Eggenberka. V držení tohoto rodu bylo městečko až do roku 1719, kdy se jejich nástupci stali Schwanzenberkové.

V roce 1848 zrušeno poddanství, a staletou epochu feudalismu nahradil kapitalismus. Městečko je svobodné a v roce 1849 se stává částí podkrajského úřadu, který má sídlo v Prachaticích. Od roku 1855 jsou Lhenice částí nově vzniklého netolického okresu, a od roku 1868 jsou připojeny do správy prachatického okresu, jehož součástí jsou vyjma válečných let do dnes.

V roce 1945 osvobodila městečko 26. pěší divize armády spojených států. Po útrapách druhé světové války začalo městečko rozkvétat do dnešní současné podoby.

DALŠÍ INFORMACE: http://www.lhenice.cz